Në Japoninë e lashtë, kishte një luftë të vazhdueshme mes dy kështjellave të luftëtarëve - samurai dhe ninja. Ju në lojë Ninja Runner do të luftojë në anën e Urdhrit të Ninjas. Karakteri juaj mori një urdhër nga kreu i rendit për të kryer zbulimin në një pyll, ku mund të fshihen shkëputjet e samuraut. Heroi juaj me guxim u zhyt në pyll dhe vrapoi përgjatë shtegut. Shumë rreziqe dhe kurthe e presin atë në rrugën e tij. Ju kontrollin e karakterit tuaj do të duhet të bëjë atë të kërcejnë dhe të mos bien në këto kurthe. Nëse hasni ushtarë të armikut, do t'ju duhet t'i shkatërroni të gjithë me ndihmën e një shpate. Vetëm mbledhni sende të ndryshme që bien në rrugën e tij.
