Në kutinë Jump Box Ninja, ne do të hyjmë në botën ku jetojnë njerëzit e kutisë. Edhe në këtë botë ekziston një kaste e luftëtarëve Ninja, ne do të njihemi me një prej tyre. Ky luftëtar sot do të kalojë përmes një kursi vdekjeprurës pengese për t'u bërë një mjeshtër i arteve marciale. Ju do të shihni heroin tuaj në ekran. Nga anët e ndryshme do të hidhen nga shtizat e mprehta, të cilat kur goditen në karakterin tonë thjesht e vrasin atë. Ju do të keni për të guess wftfully moment dhe për të marrë karakterin për të kërcejnë. Kështu, ai do të fluturojë mbi territorin e rrezikshëm dhe ju do të vazhdoni.