Bear Banjo, së bashku me motrën e tij, jeton në thellësitë e pyllit. Si një ditë karakteri ynë u zgjua dhe gjeti se motra e tij e vogël ishte zhdukur. Tani në lojë Banjo-Kazooie, ne do ta ndihmojmë që ta gjejë atë. Për ndihmë, karakteri ynë iu kthye zogut magjik Kazue. Pas një rituali magjik, ajo kapi gjurmët dhe fluturoi përgjatë tij. Tani ju jeni duke hero do të duhet të kandidojë pas saj pa u rënë prapa. Jini të kujdesshëm në mënyrën se si ju do të keni kurthe dhe po po ngisni heroin do t'i detyrojë ata të hidhen mbi ta. Ndonjëherë ju mund të hasni monsters të ndryshme agresive dhe ju do të keni për të shkatërruar ato.