Një luftëtar trim ninja hyri në një birucë të lashtë. Heroi ynë do të duhet ta eksplorojë atë dhe të mbledhë të gjitha monedhat e arta magjike. Ju në lojën Ninja Auto Run do ta ndihmoni atë në këtë aventurë. Para jush në ekran do të shihni një nga dhomat e birucës. Heroi juaj do të vrapojë mbi të me një shpejtësi të caktuar. Në rrugën e tij, do të shfaqen thumba që dalin nga toka, pengesa të lartësive të ndryshme dhe kurthe të tjera. Kur heroi juaj të përballet me këto rreziqe, do t'ju duhet t'i bëni ata të kërcejnë. Në këtë mënyrë ninja juaj do të kalojë nëpër të gjitha këto rreziqe. Gjatë rrugës, ndihmoni personazhin të mbledhë monedha ari për të cilat do t'ju jepen pikë në lojën Ninja Auto Run.