Breshkat ninja u kthyen nga detyra e tyre e ardhshme dhe gjetën se mësuesi i tyre Splinter mungonte. Zgjidhni karakterin i cili së pari shkon në betejë me mutantët. Leonardo është mjeshtër i luftimeve katan, udhëheqësi i ekipit Raphael merret me shkathtësi Sayes, Donethello përdor një staf të veçantë dhe Michelangelo preferon nunchaku. Ata do të ndihmohen nga prilli, ajo zotëron me mjeshtëri një shkop magjik të gjelbër të baseball.