Vrapimi në pistat e lojës ka kohë që ka pushuar së qeni tradicional, herë vrapojnë me taka, herë me shtyllë, herë me shkallë dhe loja Balance Run 3D shkoi edhe më tej. Heroi ynë do të lëvizë në tabelë, e cila ndodhet në dy poste blloqesh. Për të kapërcyer të gjitha pengesat, duhet të grumbulloni blloqe të verdha gjatë rrugës, por duhet të respektohet ekuilibri. Nëse posti majtas ose djathtas është shumë më i ulët, bordi do të anohet shumë dhe heroi thjesht do të rrëshqasë dhe loja Balance Run 3D do të përfundojë. Nivelet bëhen më të vështira gradualisht, por me siguri.
