Ninja vendosi të zgjasë këmbët dhe të vrapojë nëpër qytet duke mbledhur monedha. Në lojën Ninja Runner do të takoni një hero dhe do ta ndihmoni të organizojë parkour të qytetit. Nuk ka lartësi të pakapërcyeshme për heroin, mund të klikoni mbi djalin disa herë dhe ai do të hidhet në çdo majë: një platformë, një kullë dhe një majë tjetër. Pasi të kaloni në nivel, mund të kaloni në një tjetër, por kini kujdes, në nivele të reja do të ketë pengesa shtesë në formën e thumbave të mprehta mbi të cilat nuk keni nevojë të hidheni për të mos humbur zemrat e jetës. Ka gjithnjë e më shumë pengesa të mprehta, që do të thotë se do të duhet të jeni shumë të shpejtë dhe të shkathët për të shpëtuar ninja nga humbja e jetëve në Ninja Runner.
