Apokalipsi mund të ndodhë për arsye të ndryshme, në lojën Apocalypse Run do të ndihmoni heroin që ishte në qendër të apokalipsit që u shfaq si rezultat i kryengritjes së makinave. Inteligjenca artificiale, pamja e së cilës ishte aq e pritur dhe aq e admiruar për zhvillimin e saj të shpejtë, vendosi që tani nuk ka nevojë për njerëz. Për më tepër, ato janë edhe të dëmshme, sepse bëjnë gjithçka gabim, shpesh sillen në mënyrë të paarsyeshme, shkatërrojnë mjedisin dhe vrasin llojin e tyre. Një besim i fortë është krijuar në mendjen e makinës se njeriu është e keqja kryesore në planet dhe duhet shkatërruar. Kështu filloi shkatërrimi sistematik i njerëzimit, dhe heroi i Apocalypse Run dëshiron ta shmangë këtë dhe ju do ta ndihmoni atë të luftojë robotët.
