Në Matrix u krijuan disa prototipa, dhe njëri prej tyre, numri 09435, doli të ishte më i suksesshmi. Ky është një djalë dixhital që filloi të zhvillohej në një mënyrë të mahnitshme shpejt dhe së shpejti ai donte të eksploronte botën e jashtme. Ai gjeti një mënyrë për të lënë matricën dhe vazhdoi rrugën për në Prototype Guy. Krijuesit vendosën të mos ndërhyjnë me djalin, ata ju kërkojnë ta ndihmoni atë të përshtatet, duke kapërcyer pengesat. Është e nevojshme të hidheni mbi thumba të mprehta dhe robotë katrorë. Nga rruga, robotët mund të shkatërrohen duke u hedhur direkt mbi ta. Nëse pengesa nuk kapërcehet, heroi do të fillojë përsëri në Prototype Guy.
