Ninja sapo ishte kthyer nga një shëtitje dhe vendosi të vizitonte manastirin e tij të lindjes, ku studionte dhe mësuesin e tij të preferuar, i cili i dha atij një sasi të madhe njohurish dhe i mësoi se si të kontrollonte trupin dhe shpirtin e tij. Ai i gjeti murgjit në dëshpërim dhe zhgënjim të madh. Një ditë më parë, samurai i kuq sulmoi manastirin dhe vodhi një koleksion gurësh të lashtë me runa. Këta janë gurë të shenjtë që mbahen në manastir prej shekujsh. Heroi ynë u betua të kthejë gjithçka të vjedhur dhe menjëherë u nis në udhëtimin e tij. Ndihmoni heroin në Ninja Run të përmbushë misionin e tij të shenjtë. Ninja do të vrapojë, dhe ju do ta ndihmoni atë të kërcejë mbi pengesat dhe mbi armiqtë në kohë, duke mbledhur gurë.
