Në pjesën e dytë të lojës Pandemic 2, ju do të vazhdoni misionin tuaj për të shkatërruar gjithë njerëzimin si një pandemi vdekjeprurëse. Loja fillon me zgjedhjen e llojit të sëmundjes: virus, bakter ose parazit. Më pas do të zgjidhni një pikënisje për infeksionin tuaj. Nga atje do t'ju duhet të përhapni sëmundjen tuaj në pjesën tjetër të botës. Duke u përhapur në mbarë botën, ju mund ta përmirësoni sëmundjen tuaj dhe ta bëni atë në mënyrë që njerëzit të mos vuajnë prej saj. Ndryshoni vazhdimisht virusin tuaj në mënyrë që njerëzimi të mos gjejë një kurë për të. Kështu që gradualisht do të shkatërroni të gjithë popullsinë e planetit në lojën Pandemic 2
