Mafia në Japoni quhet Yakuza dhe është një organizatë kriminale shumë e rëndë që vepron jashtë ligjit sipas rregullave të veta. Nëse ajo ka nevojë për diçka, ajo e merr atë, pavarësisht nga jeta dhe nevojat e atyre që qëndrojnë në rrugën e tyre. Samurai vs Yakuza ju prezanton me një samurai që dëshiron të shpëtojë fshatin e tij. Banditët e pëlqyen atë për shkak të tempullit të lashtë që ndodhet në territorin e saj. Në këtë tempull ka disa figurina të vlefshme, të cilat kreu i Yakuza dëshironte t'i zotëronte. Heroi ynë qëndroi në rrugën e një ushtrie të tërë mafioze dhe, me ndihmën tuaj, do të zmbrapsë sulmin e hajdutëve me rroba të zeza në Samurai vs Yakuza.
