Ninja studioi për një kohë të gjatë dhe më në fund ka ardhur koha për të përdorur njohuritë dhe aftësitë e tij në Dark Ninja Hanjo. Sensei informoi studentin e tij se ishte gati të fillonte një jetë të pavarur, por në të njëjtën kohë, ish-studentit iu kërkua të kryente një mision shumë të rëndësishëm për të rivendosur qytetin. Misioni do të tregojë se sa i përgatitur është heroi. Qyteti është konsumuar nga errësira për ta çliruar atë, do t'ju duhet të luftoni demonët ose luftëtarët e pushtuar. Ninja do të jetë në gjendje të tregojë se çfarë është i aftë. Merrni udhëzime nga mësuesi në fazën fillestare, ai do të shoqërojë studentin e tij, por më pas ju duhet të veproni vetë në Dark Ninja Hanjo.
