Ninjat u shfaqën në Japoninë mesjetare dhe shërbyen si spiunë, skautë dhe diversantë zbulues. Ata mbanin rroba të errëta, mbulonin fytyrat dhe kryesisht operonin natën, duke lëvizur në heshtje dhe duke kryer detyrat e caktuara. Të gjithë ninjat zotëruan artin e ninjutsu. Në thelb, ninjat janë një lloj luftëtari që përdoret në operacione speciale, si forcat speciale japoneze. Heroit të lojës Ninja Speed Runner i është besuar gjithashtu një mision sekret, kështu që ai lëviz shpejt. Shurikens po fluturojnë drejt tij, nga të cilat ai duhet të shmanget dhe ju do ta ndihmoni me këtë, duke e detyruar heroin të kërcejë ose të rrëmbejë në Ninja Speed Runner.
