Heroi miniaturë i pikselëve e çon Micro Metroid në një udhëtim nëpër një botë mikro-platformë të stilit Metrovania. Ndihmojeni atë të kalojë zona të rrezikshme në platforma dhe ato vetëm do të bëhen më të shumta. Kujdes nga ingranazhet dhe zgjidhni vendet ku mund të hidheni në platformë dhe të ecni përpara. Do të ketë flamuj gjatë rrugës - këto janë pika kontrolli që do t'ju sigurojnë një vend ku heroi do të kthehet nëse kapet në thumba ose bie nga një platformë në Micro Metroid.
