Heroi i lojës Counter-Strike: Reboot, me ndihmën tuaj, do të marrë pjesë në dymbëdhjetë misione. Për shkak se përmbajtja mbahet rreptësisht sekrete, qëllimet do të zbulohen kur të përfundoni misionin e mëparshëm. E para quhet Alpha dhe detyra juaj është të zmbrapsni sulmin e terroristëve që duan të kapin bazën tuaj. Në misione të tjera do t'ju duhet të kryeni detyra të tjera, si: lirimi i pengjeve, shkatërrimi i bazave të terroristëve, pastrimi i minave, etj. Të gjitha misionet janë të kufizuara në kohë, ju duhet të zgjidhni problemet shpejt dhe me efikasitet në Counter-Strike: Reboot.
