Jeta në Mbretërinë e Kërpudhave është ndërprerë edhe një herë nga rrëmbimi i Princeshës Peach. Bowser nuk mund të qetësohet dhe nuk mund të dalë me asgjë të re përveç rrëmbimit të princeshës. Mario në Super Mario Flash do të shkojë në një udhëtim për të shpëtuar një vajzë, kjo nuk është hera e parë për të dhe ju keni një arsye për t'u bërë sërish pjesëmarrës në një aventurë argëtuese. Udhëzoni Marion nëpër platforma, duke u hedhur mbi kërpudha dhe breshka të liga. Gjeni agaricën e madhe magjike të mizës që do ta kthejë hidraulikun në Super Mario. Përveç kësaj, ju mund të gjeni një lule magjike në platforma, e cila gjithashtu do të forcojë heroin dhe do t'i japë atij forcë në Super Mario Flash.
