Në njërën prej planeteve të humbur në hapësirë ekzistonte një laborator sekret, në të cilin shkencëtarët kryen eksperimente mbi të burgosurit duke i inocuar ata me gjenet e huaja. Kështu që ata ishin në gjendje të krijonin monstra që u prishën falas dhe shkatërruan pothuajse të gjithë personelin e stacionit. Karakteri juaj në Doom Dr Scifi ishte në gjendje të mbijetonte në këtë mulli mishi. Tani do t'ju duhet ta ndihmoni atë të dalë nga baza dhe të raportoni se çfarë ndodhi në tokë. Heroi juaj do t'ju duhet të kaloni nëpër korridoret dhe dhomat e bazës dhe të luftoni me monsters. Ju do të duhet të qëlloni me saktësi armët tuaja për të shkatërruar të gjithë monsters që ju takoni.