Japonia e lashtë, kishte tempuj të veçantë në të cilët ata përgatitën luftëra të tilla si ninja. Ju në lojë Ninja Runs 3D shkoni në njërën prej tyre dhe ndihmoni një ninja të kalojë nëpër lloje të ndryshme të trajnimeve. Sot, heroi juaj do të duhet të vrapojë përgjatë një kursi pengesash të ndërtuar së bashku me ninjas të tjerë dhe të vijë në vijën e finishit së pari. Ju do të menaxhoni veprimet e tij. Ju duhet të hidheni mbi shumë pengesa, të ngjiteni në pengesa të ndryshme dhe të kryeni veprime shumë më tepër që do të ndihmojnë ninja tuaj të fitojë konkursin.
