Në pjesën e dytë të lojës Virus Ninja 2, ju do të ndihmoni një luftëtar trim ninja të luftojë viruse të ndryshme. Para jush në ekran do të ketë një fushë loje në të cilën do të shfaqen baktere të ndryshme. Ata do të lëvizin në drejtime të ndryshme dhe me shpejtësi të ndryshme. Për t'i shkatërruar ata do t'ju duhet të përdorni një shpatë. Shikoni me kujdes ekranin dhe drejtoni objektet me miun. Kështu, ju do të godisni në baktere dhe do t'i copëtoni në copa. Ndonjëherë bomba mund të shfaqen midis këtyre objekteve. Ju nuk duhet t'i rrahni ato.
