Shikoni në Mbretërinë e Mushroom, përsëri ndodhi një emergjencë - Princesha Peach u rrëmbye. Por kësaj here Bowser i keq nuk ka asnjë lidhje me të, pasi nuk është për t'u habitur. Gjëja e varfër u tërhoq nga një fantazmë e keqe dhe u largua me peng në anën e errët të një bote krejtësisht tjetër, duke mos i përket asaj ku jeton Mario. Hidraulik i guximshëm do të duhet të kalojë në botën e Minecraft dhe të gjejë rrëmbyesin. Pasi të jetë në një territor të huaj, Mario do të bëhet si banorë të bllokut dhe kjo nuk është për t'u habitur, ai nuk ka nevojë të qëndrojë jashtë. Ndihmoni heroin në Super Mario MineCraft Runner nxitojnë përgjatë një shtegu të gjatë me pengesa për mbledhjen e monedhave.
