Një djalë i ri Kyoto u bashkua me urdhrin sekret të luftëtarëve ninja. Ai u dërgua në male në një tempull të veçantë ku ndodhet Akademia, ku stërviten të gjitha luftërat e fillimit. Sot heroi ynë ka një seancë stërvitore dhe ju do ta ndihmoni atë ta drejtojë atë në lojën Ninja Academy. Para jush në ekran do të shihni karakterin tuaj, i cili është duke qëndruar në oborrin e tempullit. Një panel i veçantë me çelësat e kontrollit do të vendoset nën të. Me ndihmën e saj, ju do të drejtoni veprimet e heroit tuaj. Objektet do të shfaqen para tij nga anët e ndryshme. Ju duke udhëhequr heroin do të duhet të bëni goditje të sakta mbi ta me ndihmën e duarve ose këmbëve. Çdo hit i saktë i juaji do t'ju sjellë një numër të caktuar pikësh. Pasi të praktikoni goditjet, do të kaloni në përpunimin e teknikave të ndryshme.