Deri tani, Mario duhej të merrej vetëm me kërpudha të këqija, kërmijtë dhe miqtë e tjerë të armikut të tij të përjetshëm Bowser. Por këto janë vetëm lule në krahasim me atë që e pret në Super Mario Commander. Një sulm tinëzar nga hapësira u bë papritur në Botën e Mario. Krijesa të frikshme dhe të mbrapshta, të armatosura deri në dhëmbë, bënë kërdi në mbretërinë dikur paqësore. Mario do të duhet të marrë një armë serioze dhe të luajë rolin e një super heroi. Dhe në mënyrë që ai të ketë sukses, ndihmoni hidraulikun të zotërojë një rol të ri për veten e tij. Isshtë e nevojshme të pastroni platformat e piratëve të hapësirës dhe ta ktheni botën përsëri në tokë në Super Mario Commander.