Samurai janë luftëtarë dhe duhet të jenë gjithmonë në formë të shkëlqyer fizike, kështu që trajnimi i përditshëm është i domosdoshëm. Në Samurai Jump, ju do të ndihmoni një samurai të kalojë një provë të vështirë që ai vetë doli. Ai do të vrapojë në mure paralele, duke u hedhur ose majtas ose djathtas në varësi të kërcënimeve që dalin gjatë rrugës. Mund të jetë një sharrë rrethore e madhe, kundër së cilës nuk ka shpëtim, nëse nuk largoheni. Ndërsa kërceni, përpiquni të kapni fruta dhe zemra për të rimbushur numrin e jetëve. Nëse çdo gjë është përdorur, loja Samurai Jump do të përfundojë dhe trajnimi do të përfundojë gjithashtu.
