Ninja është heroi i shumë lojërave, dhe në Carrot Ninja ai duket shumë si një karotë e zakonshme. Kështu është - ky është një ninja karrote dhe ai synon të shkojë në faltoren tjetër në çdo nivel. Ky është qëllimi i heroit. Ndihmojeni atë të kërcejë me shkathtësi në platforma, të mbledhë monedha nëse është e mundur. Më tej në nivele do të ketë pengesa shtesë në formën e iriqëve robotikë dhe telashe të tjera që duhet të kapërcehen. Në këndin e sipërm djathtas do të gjeni numrin e jetëve të karotës në formën e gjetheve jeshile. Sapo t'i përdorni ato, niveli do të duhet të riniset në Carrot Ninja.