Sonic ka mundësinë të merret me armikun e tij të vjetër Knuckles. Iriqi blu mori informacione të papritura për vendndodhjen e kundërshtarit të tij dhe synon të shkojë atje. Së bashku me mikun dhe ndihmësin e tyre Tails, heronjtë do të shkojnë në ishull me avion. Pas uljes, ata do të takojnë Knuckles, por ai do të zhduket shpejt. Ju duhet të ndihmoni Sonic dhe mikun e tij të ndjekin zuzarin. Ai vendosi shumë kurthe në ishull, në mënyrë që askush të mos mund ta arrinte, por Sonic nuk mund të ndalet, dhe ju do të kontrolloni rreptësisht lëvizjen e heroit, duke e penguar atë të përplaset me thumba të mprehta. Mblidhni unaza, ato do të jenë gjithmonë të dobishme për heroin në Sonic 3 & Knuckles.
