Loja Alien Quarantine zhvillohet në territorin e një laboratori sekret ku kryhen eksperimente mbi krijesat aliene të kapur. Një nga alienët arriti të çlirohej, ai liroi të tjerët dhe kaosi i vërtetë filloi në laborator. Heroi i lojës Alien Quarantine dërgohet në zbulim, por përballet me një armik të rrezikshëm. Ai duhet të rivendosë sistemin e sigurisë për të parandaluar depërtimin e monstrave në sektorë të tjerë. Për ta bërë këtë, ju duhet të aktivizoni disa pajisje, duke lëvizur dhe të shtënat, duke shmangur sulmet e të huajve.
