Gjithçka ndryshon me kalimin e kohës dhe bota e Mario ka ndryshuar gjithashtu. Nëse më parë të gjithë armiqtë ishin të njohur dhe nuk kishte aq shumë prej tyre, tani ata janë bërë të fshehur dhe më të rrezikshëm. Në Super Mario Vs Mafia, hidrauliku ynë trim do të duhet të përballet me një grup të madh mafioz. Nga pamja e jashtme, këta janë djem të fortë me kostume të zeza, por në fakt ata janë banditë të vërtetë, për më tepër, mizorë dhe të pamëshirshëm. Ndihmoni heroin të merret me të gjithë kriminelët. Ju ndoshta do të shihni një armë të fuqishme të armëve të vogla në duart e heroit për herë të parë. Stoku i municionit në çdo nivel do të ndryshojë në varësi të situatës, por gjithmonë do të jetë më pak se sa është e nevojshme. Prandaj, çdo goditje duhet të arrijë objektivin. Me një plumb, heroi mund të shkatërrojë disa banditë në të njëjtën kohë nëse ata janë në të njëjtën korsi ose me ndihmën e një rikoshe në Super Mario Vs Mafia.
