Princesha Peach është rrëmbyer përsëri, Bowser nuk mund të qetësohet dhe është koha për të dalë në pension, por ende atje, jepini atij një bukuri. Mario duhet të dalë në rrugë, dhe ai gjithashtu nuk është freskia e parë. Për herë të parë, hidrauliku dyshoi në aftësitë e tij dhe vendosi të ftojë Sonic për të ndihmuar, duke ditur se si mund të vrapojë shpejt dhe të kërcejë lart. Ndërkohë, ndërsa Sonic mbërrin, ju mund të kontrolloni Marion dhe ta ndihmoni atë të mbledhë monedha dhe të kërcejë mbi xhelatët e Bowser. Atëherë mund të kaloni në Sonic, por ai do të duhet të mbledhë unaza, por të dy heronjtë kanë të njëjtin qëllim - të shpëtojnë princeshën në Super Mario dhe Sonic.
