Në pjesën e tretë të lojës Sonic Advance 3, ju do të vazhdoni të ndihmoni Sonic trimin dhe miqtë e tij të luftojnë kundër të çmendurit Dr. Evil. I çmenduri dëshiron të ndërtojë një qytet të tërë në të cilin do të rriten monstra. Për ta bërë këtë, atij do t'i duhen gurët e Kaosit. Sonic duhet t'i gjejë së pari. Para jush në ekran do të jetë i dukshëm për karakterin tuaj dhe shokun e tij. Duke përdorur çelësat e kontrollit, ju do të kontrolloni veprimet e të dy heronjve menjëherë. Do t'ju duhet t'i bëni ata të lëvizin nëpër vendndodhje dhe të shqyrtojnë me kujdes gjithçka. Kërkoni gurë dhe objekte të shpërndara në të gjithë vendin dhe mblidhni ato. Gjatë rrugës do të hasni në pengesa dhe kurthe mbi të cilat heronjtë tuaj do të duhet të hidhen. Nëse takojnë monstra, atëherë personazhet do të jenë në gjendje t'i anashkalojnë ose t'i shkatërrojnë duke u bashkuar në betejë. Për të vrarë kundërshtarët, do t'ju jepen pikë në Sonic Advance 3.
